כאשר הביטלס התחילו להופיע במועדון Aintree Institute בליברפול, בתחילת 1961, פגש ג'ון מאחורי הקלעים את פטרישיה אינדר, נערה בת 17. מאז היא הלכה אחרי הביטלס לכל הופעה והפכה לחלק ממעגל החברים הקרובים של הלהקה. ג'ון נהג לכנות אותה, בזכות מידותיה הקטנות ושיערה הבלונדיני, "בריג'יט ברדו הקטנה". כאשר הביטלס ביצעו לראשונה את השיר Hello, Little Girl פטרישיה הייתה משוכנעת שהשיר נכתב עליה, למרות שלמעשה ג'ון כתב את השיר כבר ב-1957 (זהו השיר השני שהוא כתב).
כעבור כשנה וחצי, ב-6/7/62, אחרי ההופעה של הביטלס על גבי סיפונה של הספינה Royal Iris, כאשר פטרישיה כבר בת 19, הזמין אותה ג'ון למסיבה בביתו של חבר, שם גילתה פטרישיה שאיש לא הוזמן מלבדה. בלילה הזה, הראשון שלהם ביחד, היו רק נשיקות, אבל כעבור יומיים הם נפגשו שוב ופטרישיה איבדה את בתוליה. מאז נהג הזוג לבלות ביחד אחרי ההופעות של הביטלס בביתה של סו, חברתה הטובה של פטרישיה, אשר דאגה להיעדר מהבית בזמן המפגשים ביניהם. כדי שהוריה לא יגלו, נהגה פטרישיה לספר להם שהיא מבלה עם סו בביתה. לג'ון, שכבר החל לצאת עם סינת'יה, היה קל יחסית לקיים את המפגשים ללא ידיעתה מאחר ובריאן, שהחל לנהל את הלהקה, אסר על סינת'יה (ועל דוט רוהן, חברתו של פול) לבוא להופעות כי האמין שחשוב שהמעריצות יחשבו שחברי הלהקה פנויים. ג'ון נהג לשקר לסינת'יה ולספר לה שאחרי ההופעות הוא הולך לביתו של פול כדי לכתוב שירים ביחד.
שנים מאוחר יותר פטרישיה סיפרה שג'ון התנהג כלפיה בעדינות והיה מאוד רומנטי, בניגוד לדמיתו הקשוחה והצינית. הוא נהג להדליק נרות סביב המיטה, לנשק אותה בעיניים, ולהניח את ידיו על פניה ולמשש אותן בקצות אצבעותיו. פטרישיה סיפרה שג'ון ידע לנשק יותר טוב מכל הבחורים שהכירה לפניו ואחריו. פטרישיה ציינה את חוסר הביטחון של ג'ון לגבי מראהו כשנהג לומר שהוא לא מבין למה היא מסכימה לבלות עם בחור מכוער ובעל אף עצום כמוהו. בנוסף, ג'ון היה משוכנע, בגלל מראהו, שלא יצליח בעולם המוזיקה בתור כוכב פופ. ג'ון היה מאוד פתוח איתה ונהג לספר לה דברים שהיו שמורים לאנשים הקרובים ביותר אליו, כמו מותה של אמו, ג'וליה, ונטישתו ע"י אביו, אלף. כאשר פטרישיה סיפרה לו על היעדרויותיו הרבות של אבא שלה מהבית כדי לבלות עם חבריו בפאב השכונתי, נהג ג'ון להעיר שלפחות היא יודעת איפה הוא נמצא.
כאשר ג'ון אישר בפני פטרישיה את מה שהיא כבר שמעה מפול, כי הוא עומד להינשא לסינת'יה, הוא הדגש בפניה כי הוא אומנם אוהב את סינת'יה אבל בעצם הוא מאוהב בה (בפטרישיה) והנישואין הם מחוסר ברירה, מאחר וסינת'יה נכנסה להיריון לא מתוכנן. מה שג'ון לא ידע הוא שזמן קצר לפני כן, חשבה פטרישיה שהיא נכנסה להיריון ממנו לאחר איחור של כשבועיים במחזור החודשי שלה. כאשר סופסוף אזרה אומץ לבשר לו על כך, התברר לה שמדובר הי בהתראת שווא.
למרות הנישואין עם סינת'יה, התעקש ג'ון להמשיך ולהיפגש עם פטרישיה, אשר התנגדה תחילה. ג'ון המשיך ללחוץ עליה בטוענה שגבר זקוק ליותר מאישה אחת ולבסוף פטרישיה נכנעה לו. הקשר ביניהם נמשך זמן רב וכאשר בעקבות ההצלחה של הביטלס החל ג'ון לנסוע עם הלהקה להופעות במקומות שונים בבריטניה, הוא הקפיד להיפגש בחשאיות איתה בכל הזדמנות ששב לליברפול, לעיתים מבלי שסינת'יה בכלל ידעה שהוא כבר חזר לעיר.
פטרישיה לא הייתה מאושרת מתפקידה כמאהבת הסודית של ג'ון אך לא מיהרה לנתק את הקשר עמו. לבסוף, כאשר נודע לה שג'ון החל לקיים קשר עם בחורה שלישית בשם אידה הולי, החליטה לשים קץ ליחסים הסודיים ביניהם ומאז לא התראו יותר.
